Nach dem zweiten Bay'a von Akaba gab der Prophet seinen Gefährten die Erlaubnis, nach Yathrib auszuwandern. Daraufhin wanderten zuerst Amir b. Rabia und seine Frau Layla bint Hasma aus; kurz darauf folgten die anderen Gefährten und verließen Mekka in Gruppen. Schon früher waren Gefährten von Mekka nach Medina ausgewandert waren. Es waren Abu Salama al-Mahzumi und seine Frau Umm Salama, die vor den Treueschwüren in Akaba nach Medina gegangen waren; und Mus'ab b. Umayr zusammen mit Abdullah b. Umm Maktum, die nach dem ersten Bay'a von Akaba von Mohammed (sav) nach Medina gesandt worden waren, um den Islam zu verkünden.
Die Auswanderung erfolgte meistens heimlich. Grund dafür war, dass die Muschriq aus dem Stamme Quraisch es nicht erlaubten, dass die Muslime Mekka verließen. Sie sorgten für vielfältige Schwierigkeiten, versuchten die Hidschra zu verhindern und sperrten sogar manche Muslime ein. Als zum Beispiel Abu Salama und seine Frau Umm Salama von Abessinien nach Mekka zurückkehrten und sich zusammen mit ihrem Sohn Salama auf den Weg nach Medina machen wollten, erlaubte die Familie von Umm Salama ihr dies nicht. Deswegen war Abu Salama gezwungen, seine Frau und seinen Sohn in Mekka zurückzulassen und alleine nach Medina zu reisen. Daraufhin nahm die Familie Abu Salamas dessen Kind, Salama, seiner Mutter weg als Antwort auf die Handlungen der Familie von Umm Salama. In tiefer Trauer, getrennt von Sohn und Mann, vergoss Umm Salama ein Jahr lang Tränen. Schließlich zeigten ihre Verwandten Mitleid und ließen sie nach Medina gehen und übergaben Salama wieder seiner Mutter. Zusammen mit ihrem Sohn machte sie sich von Mekka aus auf dem Weg nach Medina. Unter dem Geleit von Uthman b. Talha, dem sie auf der Reise begegnete, erreichte sie Quba und traf hier Abu Salama. Hischam b. As, der sich für die Hidschra vorbereitet hatte, wurde von den Polytheisten -darunter sein Vater As b. Wail - eingesperrt und in Ketten gelegt. Ayyasch b. Abu Rabia, der sich für die Hidschra auf den Weg gemacht und Quba erreicht hatte, wurde hier von seinen Brüdern Abu Dschahil und Haris b. Hischam davon überzeugt, dass seine alte Mutter aufgrund seiner Abwesenheit krank geworden sei. So sorgten sie dafür, dass er nach Mekka zurückkehrte. Als er hier ankam, sperrten sie ihn ein. Hischam b. As und Ayyasch b. Abu Rabia konnten sich erst im siebten Jahr der Hidschra (629 n. Chr.) aus den Händen der Muschriqs befreien und nach Medina reisen. Die Einwohner von Mekka, die wussten, dass Suhayb b. Sinan er-Rumi auswandern wollte, weigerten sich nicht nur ihre Schulden an ihn zurückzuzahlen, sondern beschlagnahmten sogar sein Hab und Gut. Suhayb konnte erst auswandern, nachdem er seinen ganzen Verdienst an die Einwohner von Mekka übergeben hatte. Umar jedoch ist in aller Öffentlichkeit selbstbewusst ausgewandert. Er umkreiste die Kaaba und führte zwei Rakah des rituellen Gebetes aus, bevor er sich auf den Weg machte, und forderte damit die Muschriq heraus.
Kurze Zeit, nachdem Mohammed (sav) die Hidschra erlaubt hatte, war ein großer Teil der Gefährten nach Yathrib ausgewandert. Zurück blieben nur der Prophet, Abu Bakr und deren Familienangehörige, Ali, dessen Mutter und diejenigen die es nicht schafften, auszuwandern und diejenigen, die davon abgehalten wurden. Unterdessen wendete Abu Bakr sich mehrmals an Mohammed (sav) und bat um die Erlaubnis, auszuwandern. Doch dieser antwortete jedes Mal: "Habe keine Eile! Es besteht die Hoffnung (es wird gehofft), dass der Allmächtige Herr dir einen Weggefährten gewähren wird."
Die Muschriq sahen, dass die Muslime ihres Glaubens willens ihre Häuser und ihr Hab und Gut opferten und nach Yathrib auswanderten. Diese beispiellose Hingabe vor Augen, waren sie besorgt bei dem Gedanken an die Möglichkeit, dass auch Mohammed (sav) eines Tages nach Yathrib gehen und dort zusammen mit seinen Gefährten eine Bedrohung für Mekka darstellen würde. Um eine Entscheidung über ihr weiteres Vorgehen zu treffen, sammelten sie sich in der Dar an-Nadwa. Während der Versammlung, in der keine der Haschim zugelassen waren - zu denen auch der Prophet gehörte - wurde vorgeschlagen, dass Mohammed (sav) verbannt oder eingesperrt werden sollte. Schließlich wurde auf Vorschlag von Abu Dschahi entschieden, dass er umgebracht werden sollte. Um zu verhindern, damit eine Blutrache mit den Haschimiten hervorzurufen, sollte der Mord nicht von einer Person, sondern von einer Gruppe ausgeführt werden, die aus jeweils einer Person von jedem Stamm bestehen sollte. Mohammed (sav), der durch eine Offenbarung von diesem geplanten Attentat erfuhr, ergriff sofort Maßnahmen, ging zu Abu Bakrs Haus und beide fingen an, Vorbereitungen für die Hidschra zu treffen. Als Wegführer einigten sie sich mit Abdullah b. Uraykit. Er war zwar ein Muschriq, aber gleichzeitig eine vertrauenswerte und mutige Person. Abu Bakr übergab dem Wegführer zwei Kamele, die er im Voraus für die Hidschra vorbereitet hatte, und sie vereinbarten, sich in drei Tagen am Fuß des Berges Thawr zu treffen. Ali sollte dafür sorgen, dass die Muschriq nicht bemerkten, dass der Prophet sein Haus verließ. Zusätzlich war er verantwortlich dafür, die dem Propheten anvertrauten Sachen an ihre Eigentümer zurückzugeben. Mohammed (sav) und Abu Bakr machten sich um Mitternacht auf den Weg, erreichten eine Höhle südwestlich des Berges Thawr und versteckten sich dort. Während der drei Tage, in denen sie sich dort aufhielten, kam nachts der Sohn Abu Bakrs und berichtete ihnen über die Geschehnisse in der Stadt. Zusätzlich kam der Hüter von Abu Bakrs Schafen mit der Herde in die Nähe der Höhle, versorgte die beiden mit Milch und anderen Lebensmitteln und wanderte später mit ihnen nach Medina aus.
Als die Muschriq der Quraisch Ali anstelle von Mohammed (sav) in seinem Haus fanden, waren sie verblüfft. Sie fragten ihn nach dem Propheten. Als er nicht antwortete, prügelten sie Ali, nahmen ihn für eine Weile in Haft und ließen ihn danach wieder gehen. Als nächstes gingen sie zum Haus Abu Bakrs und versuchten, von dessen Tochter Asma Informationen zu bekommen. Abu Dschahil, der die Information die er brauchte, von Asma nicht bekam, scheute nicht davor zurück, Gewalt anzuwenden. Die Muschriq, die merkten, dass der Prophet sich nicht mehr in Mekka befand, fingen an, ihn überall zu suchen und Boten auszuschicken. Einmal kamen sie bis vor die Höhle am Fuße des Berges Thawr. Da der Eingang der Höhle aber durch Gottes Befehl von einem Spinnennetz zugesponnen war, waren sie davon überzeugt, dass sich niemand in der Höhle befand, und kehrten zurück. Im Koran wird erzählt, dass Abu Bakr sich vor der Entdeckung sehr gefürchtet hatte, als sich die Muschriq vor der Höhle befanden, dass er aber durch Mohammeds folgende Worte: "Traure nicht; siehe, Allah ist mit uns." beruhigt wurde (at-Tauba 9/40). Nach drei Tagen in der Höhle kam, wie vorher abgesprochen, Abdullah b. Uraykit mit den Kamelen zum Berge Thawr. Sie machten sich in Richtung der Küste nach Yathrib auf dem Weg. Um potenzielle Gefahren zu meiden, nahmen sie nicht die bekannte, verkehrsreiche Route, sondern bevorzugten manchmal steile Gebirgspässe oder gingen mitten durch die Wüste. Die Quraisch, die auf jede mögliche Weise versuchten, Mohammed (sav) zu finden, versprachen als Belohnung für denjenigen, der ihn finden würde, hundert Kamele, konnten aber auch damit nichts erreichen. Suraka b. Malik, der sehr gut Spuren lesen konnte und die Belohnung gerne bekommen hätte, hatte die Gruppe erreicht; aber wie durch ein Wunder steckten die Füße seines Kamels im Sand fest. Vergeblich versuchte Suraka sich aus der Situation zu retten und gab die Verfolgung letztlich auf. Einer ähnlichen Gefahr begegneten die Auswanderer, als sie das Gebiet des Stammes Aslam passierten. Das Stammeshaupt, Burayda b. Husayb, versperrte ihnen den Weg; doch nach einem kurzen Gespräch mit Mohammed (sav), wurden er und sein Stamm zu Muslimen. Er leistete der Gruppe in seinem Stammesgebiet Gesellschaft. Als sie Dschuhfa erreichten - wo sich die Routen der Hidschra und die der Karawanen kreuzten - erinnerte sich Mohammed (sav) an die Route nach Mekka, und da er Heimweh hatte, wurde er traurig. Daraufhin wurde der Vers mit der guten Nachricht, dass er seine Feinde besiegen und zu der Stadt, aus der er auswandern musste, zurückkehren würde, offenbart. (al-Qasas 28/85). Es geschahen auch gute Dinge während der Hidschra. Als sie zum Beispiel in Qudayd Lebensmittel kaufen wollten, kam die Gruppe an einem Zelt vorbei, in dem sich Umm Ma'bad Atika bint Halid befand. Der Prophet begann, die Basmala* aussprechend, eine Ziege zu melken, die zu schwach war, um mit der Herde zu gehen und eigentlich auch keine Milch mehr gab. Doch sie gab so viel Milch, das mehr als genug für alle da war. Als später der Ehemann von Umm Ma'bad kam, berichtete sie ihm dieses Geschehnis und beschrieb den Propheten mit dichterischen Worten. Ihre Ausdrücke wurden zum Gegenstand der Literatur der Hilya (Beschreibung der Natur des Propheten) und wurden somit bis auf den heutigen Tag überliefert.
Die Muslime in Yathrib hatten erfahren, dass der Prophet Mekka verlassen hatte, und machten sich Sorgen um ihn, weil er noch nicht angekommen war. Jeden Morgen gingen sie zu einem Ort namens Harra, der sich auf dem Weg nach Mekka befand, und warteten auf den Propheten bis in die heißesten Stunden des Tages. Als sie am 8. Rabi al-Awwal (20. September 622) wieder dasselbe getan und heimgekehrt waren, sah ein sich auf dem Dach eines dreistöckigen Hauses befindendes jüdisches Mädchen die Gruppe, erkannte, um wen es sich handelte und kündigte sie aufgeregt rufend an. Daraufhin rannten die Muslime nach Harra, um den Propheten entgegenzugehen. Mohammed (sav) wurde als Gast im Hause Kulthum b. Hidms, das sich in Quba, eine Stunde vor Yathrib befand, aufgenommen. Er verbrachte einige Tage in dieser Kleinstadt und ließ hier eine Masdschid (kleine Moschee) bauen. Währenddessen hatte Ali die Sachen, die Mohammed (sav) ihm anvertraut hatte, an ihre Eigentümer zurückgegeben und danach, wie vorher abgesprochen, Mekka ebenfalls verlassen. Indem er sich tagsüber versteckte und nachts reiste, kam er in Quba an und traf hier den Propheten. Laut Überlieferungen kamen auch die Mutter Alis, Fatima bint Asad, die Ehefrau des Propheten, Sawda bint Zam'a, ihre Töchter Fatima und Umm Kulthum und die Familie Abu Bakr zusammen mit Ali nach Quba. Es wird jedoch auch überliefert, dass die Familien des Propheten und von Abu Bakr erst später, in Begleitung von Zayd b. Haritha und Abu Rafi, die aus Medina gesandt wurden, ausgewandert sind. Mohammed (sav) und seine Begleiter begannen am Freitag, den 12. Rabi al-Awwal (24. September 622) ihre Reise von Quba nach Yathrib. Als der Prophet um die Zeit des rituellen Freitaggebets im Tal Ranuna ankam, besuchte er den Stamm Salim b. Awfs; hielt dort die erste Freitagspredigt und leitete das Freitagsgebet. Er predigte davon, dass die Menschen - nachdem sie Allah ihre Dankbarkeit zum Ausdruck gebracht hatten - im Jenseits zur Rechenschaft gezogen werden würden, dass jeder für seine ihm Untergeordneten zur Verantwortung gezogen werde, dass nach dem Tod nur noch die auf Erden erfolgten guten Taten zählen würden und empfahl ihnen, egal ob alt oder jung, in guten Taten zu wetteifern und sich so für das Jenseits vorzubereiten. Nach dem Gebet reiste er weiter nach Yathrib. Als er dort ankam, wurde er von der Bevölkerung mit großer Freude empfangen. In Medina herrschte ein beispielloses feiern und eine Feststimmung. Auf beiden Seiten der Straßen reihten sich alt und jung, Frauen und Kinder und begrüßten den Gesandten Gottes. Es wurden Daf (Handtrommeln / Tamburin) gespielt und Gefühle wurden mit Versen wie "Von hinter den Hügeln von Wada ging ein Mond über uns auf / Solange die Menschen zu Gott eingeladen werden, ist es Wadschib (eine Verpflichtung) für uns dankbar zu sein / O du heiliger Gesandter / Was uns übrig bleibt, ist Dir zu folgen / Du bist willkommen, hast unsere Stadt geehrt" zum Ausdruck gebracht. Fast alle wollten den Propheten als Gast bei sich zuhause haben und luden ihn drängend ein. Auf seinem Kamel namens Kaswa sitzend, begrüßte er das Volk dankte ihm, und er erklärte, dass er Gast in dem Haus sein wollte, wo sein Kamel sich niederlassen würde. Danach betrat er die Stadt und wurde der Gast von Abu Ayyub al-Ansari. Hiermit erreichte die leid- und qualvolle Periode von Mekka ein gutes Ende und ein neues Kapitel der Geschichte des Islam begann.
Die Quellen verfügen über unterschiedliche Daten, im Bezug auf die Zeitspanne, in der Mohammed (sav) Mekka verlassen, Quba erreicht und Medina betreten haben soll. Nach einer Prüfung der Überlieferungen kann festgestellt werden, dass sich die Einwohner von Mekka am 26. Safar (9. September 622) für ein Attentat entschlossen hatten, dass der Prophet, der davon erfuhr, die Stadt in jener Nacht verlassen hatte und zur Höhle Thawr gegangen war. Die Tage zwischen dem 27-29 Safar (10-12. September 622) hatte er in der Höhle verbracht, am Montag, 1. Rabi al-Awwal (13. September 622), hatte er sie verlassen, und am Montag, 8. Rabi al-Awwal (20. September 622), hatte er Quba erreicht und am Freitag, 12. Rabi al-Awwal (24. September 622), hatte er Medina betreten.
*Basmala: Bismillahi Rahmani Rahim (Im Namen Gottes des Gnädigen, des Barmherzigen)