Ungefähr zu der Zeit, in der Mohammed (sav) nach Medina auswanderte, bestand die Hälfte der Bevölkerung der Stadt aus Juden, die den Stämmen Banu Qaynuqa, Banu Nadir und Banu Qurayza angehörten.
Es gibt keine genauen Informationen darüber, wann die Juden anfingen, sich auf der arabischen Halbinsel, und besonders in Medina, anzusiedeln. Gemäß mancher Ansichten waren diese Stämme keine eingewanderten Juden, sondern Araber gewesen, die das Judentum angenommen hatten. Häufiger ist jedoch die Annahme, die Juden seien eingewandert, obwohl es verschiedene Behauptungen zu dem Zeitpunkt gibt. Überlieferungen nach hatten sich die Juden - nachdem Buhtunnasr, König von Babylon, Jerusalem erobert hatte (605-562 v. Chr.) und der Schrein Salomons zerstört wurde (586 v. Chr.) oder nachdem sie durch verschiedene Angriffe aus Palästina vertrieben wurden - in verschiedene Regionen der arabischen Halbinsel wie Hidschas, Vâdi'l-kurâ, Haybar, Teymâ, Yathrib und Ayla zerstreut. Diejenigen die Yathrib erreichten, hatten sich anfangs am Rande der Stadt angesiedelt. Mit der Zeit waren sie stärker geworden, hatten die hier lebenden Stämme Amalika und Dschurhum vertrieben und dadurch die Vorherrschaft bekommen.
Im zweiten Jahrhundert n. Chr., nach der Sayl al-Arim genannten Flut in Jemen, hatten die Kahtaniden die Region verlassen. Daraufhin hatte sich Harisa b. Sa'laba b. Amr Muzaykiya aus der Sippe Azd der Kahtaniden zusammen mit seinem Stamm in der Umgebung von Yathrib angesiedelt. Mit der Zeit hatten die verwandten Stämme Aws und Khazradsch die Oberhand über die Juden gewonnen und die Herrschaft in der Stadt übernommen. Die Juden, die ihre Macht verloren hatten, lebten weiterhin in der Stadt, indem sich ein Teil von ihnen - wann immer es zu Streitigkeiten zwischen diesen beiden Stämmen kam - auf die Seite des Stammes Aws und die anderen auf die Seite des Stammes Khazradsch stellten. In dem Krieg Buas, der fünf Jahre vor der Hidschra (617 n. Chr.) ausgebrochen war, hatten sich die jüdischen Stämme Banu Qurayza und Banu Nadir mit dem Stamme Aws verbündet, während der Stamm Banu Qaynuqa sich auf der Seite des Stammes Khazradsch befand und bei dem schließlich die Khazradsch besiegt wurden. Andererseits kam es auch häufig zu verschiedenen Streitigkeiten zwischen der Banu Qaynuqa und den anderen jüdischen Stämmen.
Anders als in der Politik hatten die jüdischen Stämme die Oberhand im wirtschaftlichen Leben der Stadt. In den Bereichen Landwirtschaft, Handel, Herstellen und Bearbeiten von Eisen, Waffenherstellung, Weberei und dem Juwelen- und Finanzhandel waren sie sehr geschickt. Die Banu Qaynuqa waren im Juwelenhandel, die Banu Nadir in der Landwirtschaft und die Banu Qurayza in der Gerberei sehr berühmt. Sie waren durch die Teilnahme an Jahrmärkten reich geworden. Konnten Verschuldete ihre verzinsten Schulden nicht zurückzahlen, so beschlagnahmten sie deren Güter und ihr Land und waren dadurch reich geworden. Außerdem befaßten sich manche von ihnen auch mit Wahrsagerei gegen Geld. Sie unterhielten außerdem eine religiöse Erziehungsanstalt namens Bayt al-Midras, die sich in Yathrib befand. Man sagt, dass der Prophet und manche seiner Gefährten diesen Ort besucht haben, auch mit dem Ziel, den Islam zu verkünden.
Die Banu Qaynuqa, die sich im Südwesten Medinas angesiedelt hatten, wohnten in Utum genannten Festungen, von denen es in der Stadt mehrere gab. Im Unterschied zu den anderen jüdischen Stämmen in Medina waren die Banu Qaynuqa bekannt für ihren Mut und ihren Kampfgeist. Sie lebten von der Waffenherstellung und Handel, insbesondere vom Handel mit Juwelen. Deswegen verfügten sie über keine Äcker. In Medina besaßen sie einen Markt namens Suk-u Banu Qaynuqa, wo Juden und Muslime einkauften. Die Banu Qaynuqa waren deshalb im Vergleich zu den anderen jüdischen Stämmen reicher.
An dem Medina-Abkommen, das der Prophet nach der Hidschra mit den arabischen und jüdischen Stämmen unterzeichnete, nahmen die Banu Qaynuqa an der Seite des Stammes Khazradsch teil. Gemäß diesem Abkommen wurde beschlossen, dass im Falle eines Angriffes auf Medina die Juden die Stadt mitverteidigen würden und ein Angriff auf eine Partei, als ein Angriff auf alle Parteien gelten sollte. Außerdem sollten sich die Juden auf keinem Fall weder mit den Quraisch, noch mit anderen Feinden der Muslime verbünden.
Die Haltung des Propheten gegenüber den Juden in Medina hatte manche positiven Folgen. Abdullah b. Salam, ein Gelehrter der Banu Qaynuqa, wurde zusammen mit seiner Familie zum Muslim. Doch obwohl die Juden die Stämme Aws und Khazradsch oft bedrohten, indem sie von einem Propheten sprachen, der in naher Zukunft kommen würde und sie mit dessen Hilfe ihre Feinde besiegen würden, hatten sie die Berufung Mohammeds (sav) als Propheten nicht wahrgenommen, weil er kein Jude war. Sie versuchten auch, den Muslimen ihren Glauben auszureden und von Zeit zu Zeit machten sie sich sogar lustig über den Koran und den Propheten. Sie versuchten die beiden Stämme Aws und Khazradsch aufeinander zu hetzen, indem sie diese an ihre ehemalige Feindschaft erinnerten und ebenso ermutigten sie die Munafiq. Manche von ihnen behaupteten, sie hätten den Islam angenommen und schlossen sich den Munafiq an. Der Sieg der Muslime gegenüber den Muschriq, die an Anzahl überlegen waren, hatte den Juden überhaupt nicht gefallen. Sie brachten dieses auf verschiedenste Art und Weise zum Ausdruck und trieben ihr Verhalten bis zum Exzess. Daraufhin versammelte Mohammed (sav) eines Tages die Juden im Markt der Banu Qaynuqa, verkündete ihnen, dass er der Prophet sei, auf den sie gewartet hatten, dass sie sich ein Beispiel an den Quraisch nehmen sollten, und bat sie, den Islam anzunehmen. Die Juden antworteten arrogant und sagten, dass er sich über seinen Sieg, den er über die Quraisch errungen hatte, nicht freuen sollte, da die Quraisch keine geübten Krieger seien. Er würde sehen, was Krieg bedeute und was sie für Krieger seien, falls er ihnen den Krieg erklären würde. Es wird erzählt, dass die Ayat, die sich auf die Gazwa von Badr bezogen und darauf deuten, dass die Leugner Allahs bald durch seiner Hilfe besiegt werden würden (Al-i Imran 3/12-13) als Antwort auf jene Erwiderung der Banu Qaynuqa offenbart wurden.
Während dieser angespannten Situation geschah etwas im Markt der Banu Qaynuqa, das dem Fass den Boden herausschlug. Die Ehefrau eines der Ansar angehörigen Muslimen, die auf dem Markt einkaufen wollte, wurde in einem jüdischen Juweliergeschäft von ein paar Juden belästigt. Als die Frau um Hilfe rief, rannte ein Muslim ihr zu Hilfe und brachte den jüdischen Juwelier in seinem Zorn um. Danach wurde der Muslim durch die sich dort befindenden Juden getötet. Der Prophet und die Muslime konnten dieses Geschehnis nicht akzeptieren, da es zeigte, dass das unterschriebene Abkommen nicht befolgt und somit ungültig wurde. Mohammed (sav) befürchtete einen baldigen Verrat seitens der Banu Qaynuqa; sie waren der erste jüdische Stamm, der dem Abkommen nicht treu geblieben war. Daraufhin wurde der Vers offenbart, der darauf hindeutet, dass der Prophet von dem Moment an, an dem er annehmen musste, dass eine Gemeinde dem Abkommen untreu war, er dieses annullieren könne (al-Anfal 8/58).
Zwanzig Monate nach der Hidschra, in der Mitte des Monats Schawwal, benannte der Prophet Abu Lubaba b. Abdulmunzir al-Ansari als seinen Stellvertreter in Medina und belagerte das Stadtviertel der Banu Qaynuqa. Er hatte seine Rüstung namens Dhat al-Fudul angelegt und die weiße Fahne seinem Onkel Hamza b. Abdulmuttalib übergeben. Während der Belagerung, die fünfzehn Tage, also bis zum Anfang des Monats Dhu al-Qa'da, dauerte, gab es keinerlei Kämpfe und es wurden auch keine Pfeile geschossen. Doch die Banu Qaynuqa, deren Kontakt zur Außenwelt blockiert war und die in ihrer Festung fest saßen, mussten kapitulieren. Als der Prophet ihren Wunsch, freigelassen zu werden, ablehnte, mussten sie akzeptieren, in die Entscheidung, welche vom Propheten getroffen werden würde, einzuwilligen (Dhu al-Qa'da 2 / April 624). Als der Prophet sich für die Hinrichtung der ungefähr 700 gefangenen Männer entschied, sagte das Stammeshaupt der Khazradsch, Abdullah b. Ubay b. Salul, die Banu Qaynuqa seien Alliierte der Khazradsch und hätten ihnen vor allem im Krieg von Buas beigestanden, und bat um Vergebung. Obwohl der Prophet wusste, dass Abdullah b. Ubay der Führer der Munafiq war, wiederrief er seine Entscheidung, da Abdullah b. Ubay sehr beharrlich und aufdringlich gewesen war. Doch er befahl, dass alle Juden der Banu Qaynuqa aus Medina vertrieben werden sollten und all ihr Vermögen an die Muslime übergehen sollte. Er gab ihnen drei Tage Zeit, um Medina zu verlassen, beauftragte Mohammed b. Maslama mit der Übernahme ihres Vermögens und Ubada b. Samit machte er verantwortlich für Ordnung und Kontrolle, bis sie die Stadt verlassen hatten. Auf Wunsch der Banu Qaynuqa, wurde ihnen erlaubt, einzukassieren, was man ihnen schuldete. Der Prophet sagte ihnen auch, dass sie jedes Mal, um verschiedene Geschäfte zu erledigen, drei Tage lang in Medina übernachten dürften. Eine große Anzahl von Waffen und viel Material für die Herstellung von Waffen und Schmuck hinterlassend, verließen die Banu Qaynuqa Medina, unter Bewachung von Ubada b. Samit. Nachdem sie ungefähr einen Monat lang in Wadi al-Kura blieben, gingen sie nach Syrien und siedelten sich in Azriat an.
Mohammed (sav) nahm sich drei Schwerter, drei Lanzen, zwei Rüstungen, zwei Bogen und einen Fünftel der Beute (Humus) und ließ die restliche Beute unter den Muslimen verteilen. Außerdem schenkte er Mohammed b. Maslama und Sa'd b. Muaz jeweils eine Rüstung.
Wenn darüber diskutiert wird, wann der Humus genannte Brauch (die Beanspruchung eines Fünftels der Beute durch den Propheten und die Verteilung des Restes) zum ersten Mal in der Geschichte des Islam angewendet wurde, wird behauptet, dies sei bei der Verteilung der Beute nach der Gazwa von Banu Qaynuqa gewesen. Wenn man jedoch die Überlieferungen über die Verteilung der Beute nach der Sariyya von Abdullah c. Dschahsch und der Gazwa von Badr berücksichtigt - welche beide vor der Gazwa von Banu Qaynuqa stattgefunden hatten - kommt man zum Schluss, dass Humus damals nach vorhandenen Bräuchen angewendet wurde und dass die erste Anwendung von Humus nach der Offenbarung des sich darauf beziehenden Ayat (al-Anfal 8/41) im Anschluss an die Gazwa von Banu Qaynuqa erfolgte.