Der letzte Angriff der Quraisch auf Medina wurde als die Gazwa von Khandaq bekannt, weil ein Verteidigungsgraben (Khandaq) um Medina herum ausgehoben wurde, um sich vor den Angriffen der Feinde zu schützen. Da sich weitere feindliche Truppen zusätzlich zu den Quraisch, aus arabischen Stämmen wie den Gatafan, den Fazara, den Sulaym, den Kinana, den Sakif und aus jüdischen Stämmen, wie den aus Medina vertriebenen Banu Nadir und den sich zu der Zeit in Medina befindenden Banu Qurayza, zusammensetzten, wurde sie auch die Gazwa der "Ahzab" (Gruppen, Sippen) genannt. Diese Gazwa unterschied sich politisch sowie strategisch von anderen Kriegen darin, dass sie nicht gegen einen einzelnen, bestimmten Feind, sondern als Verteidigung gegen alle sich auf der arabischen Halbinsel befindenden feindlichen Gruppen geführt wurde. Sie war auch deshalb wichtig, da sie die Juden, die Quraisch und andere arabische Stämme vereint hatte, die Feinde der Muslime waren und merkten, dass sie alleine keine Chancen gegen diese hätten.
Führende der Banu Nadir - die sich in Haybar angesiedelt hatten, nachdem sie aus Medina vertrieben worden waren, wie Huyay b. Ahtab und Sallam b. Abu al-Hukayk, gingen nach Mekka, trafen sich mit Führenden der Quraisch und hetzten diese gegen die Muslime auf. Die Bewohner Mekkas waren bereit, mitzumachen und stellten, durch Teilnahme der benachbarten Stämme, eine große Armee zusammen. Daraufhin, nach Beratung mit seinen Gefährten, entschied sich der Prophet, auf den Rat von Salman i Farisi, einen Graben nördlich von Medina auszuheben, da die Stadt schutzlos gegenüber den Reitertruppen war. Der Graben, an dem der Prophet auch mitgrub und der durch die Hingabe der Muslime, innerhalb weniger Wochen ausgehoben wurde, war - gemäß Mohammed Hamidullah - 5,5 km lang, 9 m breit und 4,5 m tief.
Als der Graben fertig war, erreichten die durch Abu Sufyan b. Harb geführten feindlichen Truppen Medina. Sie bestanden ungefähr aus 10.000 (oder 12.000) Mann und errichteten ihre Heerlager nördlich der Stadt, an dem Ort, wo der Krieg von Uhud stattgefunden hatte. Die Fahne der Muschriq wurde von Uthman b. Talha getragen, einem Angehörigen der Banu Abduddar. Die Zahl der muslimischen Krieger betrug nur ungefähr 3.000. Der Fahnenträger der Muhadschir war Zayd b. Haritha und derjenige der Ansar war Sa'd b. Ubada. Der Prophet sah, dass der Feind in der Anzahl der Krieger weit überlegen war, und hielt es nicht für richtig, die Schlacht zu nen. Er befahl, dass die Frauen und Kinder zu den Festungen und Burgen gebracht werden sollten, und richtete sein Heerlager am Fuße des Berges Sal' ein, sodass die Armee, mit dem Rücken zum Berg, dem Graben gegenüberstand. An schwachen Stellen und manchen Übergangspunkten des Grabens platzierte er Wachen. Ziel der Strategie gegenüber den Quraisch sollte eine Machtdemonstration der Muslime sein. Gleichzeitig wollte er, dass die Quraisch einsahen, dass sie auf die Muslime wegen der Handelsroute angewiesen waren, und dass sie den Islam und die neue Entwicklung in Medina anerkennen sollten.
Die Quraisch, die Medina erreichten, waren durch den Graben sehr überrascht, da dies in Arabien eine unbekannte Methode der Verteidigung war. Während der Belagerung beschossen sich beide Seiten mit Pfeilen und bewarfen sich mit Steinen. Die muslimische Armee versuchte zu verhindern, dass die feindlichen Kräfte an anderen Stellen in die Stadt eindrangen und wirkten ihnen gleichzeitig entlang des Grabens entgegen. Die Mushriq griffen abwechselnd an und wurden von berühmten Kriegern wie Abu Sufyan, Hubayra b. Abu Wahb, Ikrima b. Abu Dschahil, Dirar b. Hattab (dem Bruder von Umar), Halid b. Walid und Amr b. As angeführt. An einem Tag beschossen die Muschriq das Zelt des Propheten mit Pfeilen, doch als die Gefährten sie mit Steinen und Pfeilen abwehrten, scheiterte ihr Angriff.
Während des Angriffes gelangten jedoch einige Reiter der Quraisch durch eine enge Stelle des Grabens auf die andere Seite, wo sich die muslimische Armee befand. Einer von ihnen, Amr b. Abduwad, war durch seine Tapferkeit und sein Heldentum bekannt und verlangte nach einem Krieger, gegen den er von Mann zu Mann kämpfen wollte. Ali, der damals noch sehr jung war, trat vor. Der Prophet gab Ali sein Schwert und wickelte seinen Turban um dessen Kopf. Amr, der Ali unterschätzt hatte, wurde durch einen einzigen Schwertschlag getötet. Naufal b. Abdullah, der den Graben auch überquert hatte, starb, in dem er in den Graben fiel; wonach die restlichen Feinde gezwungen waren, sich zurückzuziehen.
Obwohl es während der zwanzig Tage dauernden Belagerung zu Auseinandersetzungen kam, konnten die verbündeten Streitkräfte nichts erreichen. Da die Muschriq sich für einen kurzen Krieg vorbereitet hatten, ging ihnen bald sowohl für die Soldaten als auch für die Reittiere die Verpflegung aus. Die Muslime beschlagnahmten außerdem eine von Juden aus Haybar gesandte und von zwanzig Kamelen getragene Ladung voller Lebensmittel und Futter. Die Kälte in der Wüste machte den Mekkanern zusätzlich zu schaffen und sie gerieten in Panik, als ihre Zelte durch einen Sturm zusammenbrachen. Es war das Ende des Monats Schawwal; Dhu al-Qa'da - einer der heiligen Monate - begann und damit würde bald die Jahreszeit der Hadsch nen. Deshalb sah Abu Sufyan ein, dass sie nichts erreichen würden, und beendete die Belagerung, um nach Mekka zurückzukehren (Dhu al-Qa'da 5 / April 627).
Während der Gazwa von Khandaq - welche ein Wendepunkt in der Geschichte des Islam war - starben sechs Muslime und es wurden acht feindliche Krieger umgebracht. Die Muslime waren während der Gazwa von Khandaq in viele Schwierigkeiten geraten und hatten sich Sorgen über die Größe der feindlichen Armee gemacht. Dass der Prophet - der die Gebetszeiten immer einhielt - an einem Tag während der Belagerung gezwungen wurde, sein Mittags- Nachmittags-, Abend- und Nachtgebet, hintereinander zu praktizieren, zeigt, unter welch schwierigen Umständen er und seine Gefährten kämpfen mussten. In der Sura al-Ahzab, die diesem Krieg den Namen gab, wird erzählt, wie sehr sich die Muslime vor den alliierten Streitkräften gefürchtet hatten, dass dies eine Glaubensprüfung gewesen war und Allah die Muslime durch unsichtbare Armeen unterstützt hatte (al-Ahzab 33/9-12, 25).
Mit der Gazwa von Khandaq hatte sich auch der letzte Versuch der Muschriq, den Propheten und die Muslime zu vernichten, als erfolglos erwiesen. Dabei hatten neben der Politik und der Diplomatie, die Mohammed (sav), um die Juden und ihre alliierten arabischen Stämmen zu entzweien, eingesetzt hatte, auch seine geheimen, kundschaftlichen Aktivitäten eine große Rolle gespielt. Eine der Maßnahmen, die er ergriffen hatte, betraf Nu'aym b. Mas'ud. Als Haupt der Banu Aschdscha hatte Nu'aym vor kurzer Zeit den Islam angenommen, jedoch hatte noch keiner davon erfahren. Auf Wunsch des Propheten ging Nu'aym einzeln zu den Banu Qurayza und den Quraisch und hetzte diese gegeneinander auf. Die Zwietracht auf der feindlichen Seite führte dazu, dass die Juden der Banu Qurayza keine Gefahr mehr darstellten.
Nach diesem Krieg überarbeitete der Prophet seine Kriegsstrategie. Es war wichtig, den Feind früh anzugreifen, während dieser sich noch auf den Krieg vorbereitete. So wurde ein Feldzug auf die Banu Qurayza organisiert.